郡县外，在维吾尔族生活的南疆地区，则实行的是伯克制统治。伯克原为维吾尔族世袭封建主，清朝统治新疆后，所有归顺清朝的伯克成为政府的官吏，他们的任免、补缺、选调、升迁、罢黜，均由清军驻扎军事大臣掌管。伯克之首阿奇木还要报请北京任命。这样，世袭土官的伯克变为朝廷任用的流官。这一制度本质上是“因俗而制”原则下的有限度的“改土归流”，在其实行初期，还是有一定积极意义的。但它的弊病是固有的，并随着时间推移愈来愈强化。事实上，以落后的领主制为基础的伯克制越来越阻碍社会的进步和生产力的发展，而沿袭近两千年的军府体制也走到了它的尽头。19世纪20年代张格尔作乱时，思想家龚自珍已看到这一点，他大声疾呼：“建省”，“夺伯克之权”（龚自珍《西域置行省议》．《御试安边绥远流》。）。但是真正把新疆建省事宜纳入议事日程并认认真真地筹划还是在19世纪70年代。1864年新疆农民大起义瓦解了清朝的军府统治，在以后十多年动乱中，维吾尔王公伯克大都已“家产荡尽”，衰败没落。左宗棠认为“是南北开设行省，天时人事均有可乘之机，失今不图未免可惜”（《左文襄公全集·奏稿》卷53。），力主废伯克，改郡县、置行省。1878年清廷上谕认定，左宗棠之议“为长治久安之计”，“不为无见”（《清德宗实录》卷81，页11。）。新疆改制建省的方针大略从此基本上为清廷所接受。
时任陕甘总督的左宗棠作为钦差大臣、督办新疆军务的重臣，所提出的奏议是举足轻重的。已往的研究对此已有过许多论述，兹不赘述。而刘锦棠当时还只是西征军中的一员领兵战将，虽然还不可能直接参与如此重大军政要事的决策，但他还是为促成改制建省的筹划做了许多具体工作。
一、设立善后局，废除伯克制
1876年，刘锦棠督军人新，转战南北，耳闻目睹，对于伯克制的种种弊端、战后伯克的困顿不振和有些伯克投敌为虎作伥，都是了如指掌的。他在上呈清廷奏报中说：“新疆久乱积罢之后，今昔情形判若霄壤”，“边疆一切事宜无论拘泥于时势多不相宜，且承平年间旧制，乱后荡然无存，万难再图规复。”（《刘襄勤公奏稿》卷3，页44；卷3，页48；卷2，页31；卷2、页33；卷2，页35；卷3，页25；卷2，页51；卷2，页23；卷2．页24；卷3，页45；卷3，页52—53；卷8，页21；卷3，
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