巡台御史既要充当皇帝的耳目，就应如实奏报台湾及福建地方官员的违法失职案件。他们越是忠于职守，越容易招来地方官员的反感与报复。

乾隆八年（1743年），巡视台湾给事中书山等奏：

台地各官案件，有报知巡察衙门者，有不报知巡察衙门者。其不报知之案，经该处民人告发查询，始将缘由声明，又复任意延捺，至有经年不覆不结者。请嗣后台湾地方官所办案件，按月将已结未结造册申送巡察衙门，如任意迟延，隐匿不报，查出题参。又台地民人，每次地方官已结各案，屡向巡察衙门控告。请除原案判断明晰者，批饬不准外，其另称冤抑、有关民生风化者，应酌量轻重，分别批发提讯。如有健讼棍徒，照诬告例治罪。[32]

乾隆批准了书山的奏请。台湾地方官员有意向巡台御史隐瞒政情，说明双方关系己相当紧张。乾隆支持巡台御史的控告，使其介入地方司法审判，双方的关系更为紧张。

巡台给事中六十七是个相当活跃的官员。他到台湾后便接二连三地上奏，就治台政策提出各种建议，有些被采纳，有些被否定。乾隆十一年（1746年），福建巡抚周学健委员釆买台湾米谷20万石。六十七以台湾粮食歉收，大量釆买会抬高粮价，妨碍民食，建议暂停釆买。乾隆阅奏极为不满，严厉斥责六十七：“汝等只知在台言台，

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