乾隆二年（1737年），巡台御史白起图条陈台湾善后事宜四条：(1)归化番地，宜分别办理，以安民生。(2)严禁班兵扰累，以安番众。(3)严禁民人私娶番妇，以防煽惑。(4)请饬文武互相稽查，以重海防。[30]四条建议经总理事务王大臣议准施行。同年，清政府接受巡台御史单德谟奏请，命福建督抚建台湾试院考棚。乾隆五年（1740年），巡台御史杨二酉建议允许台湾人就近报捐，清政府从之。乾隆十一年（1746年），巡台御史请许内地子孙来台侍奉，内地亲属来台就养，清政府亦从之。

也有巡台御史的建议被否定的情形。乾隆九年（1744年），熊学鹏建议开垦荒地，招养穷民，以图生聚。福建巡抚周学健同意，闽浙总督那苏图反对。乾隆皇帝以“台湾孤悬海外，聚处其地者多无籍之徒，惟宜静镇弹压，息事宁人，不应听奸匪之浮言，图目前之微利，遽议招垦，或致将来别生事端，甚有关系”，[31]否定了熊学鹏的建议。

巡台御史本不直接参与处理台湾地方事务，后来经清政府授权，开始承担一些行政责任。从雍正五年（1727年）起

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