这次处分事件，还没能从根本上动摇御史巡台制度，只对巡查方法略作调整。大学士奉命讨论巡台御史应否去留，其结论为：台郡袤延二千余里，远隔重洋，平时地方宁谧，镇道等员，足资办理。猝遇要务，每指画无术，巡察坐镇期间，耳目易周，且使文武各官，有所顾忌，不致荡检逾闲。应请仍照旧制，毋庸议裁。惟台地向分南北两路，满汉巡察，每年俱系—路周巡，随从仆役太多，或致扰累地方。请嗣后于每年农隙时，分路巡察—次。但巡台御史在精神上所受的打击是沉重的，他们心存余悸，再也不敢直言台湾利弊。

乾隆十四年（1749年），巡台御史伊灵阿等奏淡水厅—抢劫案件。乾隆质问道：“此事早已闻知，而汝等此时方奏何耶?此等寻常无关系事件尚可，若要紧事件则不可。”[35]  

乾隆十五年（1750年），命大学士来保传谕新任巡台御史钱琦：“台郡远隔重洋，最关紧要，务须实心经理，弹压地方，俾兵民不至滋事，番众藉以宁辑，方为妥协。令其自京束装，即行赴任，不必前来请训。”[36]但是，钱琦到台后的作为，不仅没能使乾隆满意，反而导致了御史巡台制度的—次重大变革。乾隆十七年（1752年）巡台御史立柱、钱琦奏报彰化县凶番杀伤兵民—案。乾隆阅奏后批道：

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