清政府严格规定巡台将军督抚提督的行为准则，防止他们重蹈巡台御史的覆辙。乾隆说：

朕令该督抚等前往巡查，原为稽查奸弊起见，若该督抚等复纵令家人长随胥吏等，藉端需索，是未受其益而先受其害，更不成事体。著传谕该督抚等，嗣后前往于台湾巡查时，务宜严禁从役等，毋得有得受门包沿途需索等事，如有明知故纵及漫无觉察者，或经科道参奏，或经朕别有访闻，即将该督抚加倍治罪，决不宽贷。[51]

道光时，台湾道孔昭虔奏定章程，道员与总兵每年亲历巡查一次，以资弹压。道光十年（1830年），道光皇帝批准闽浙总督孙尔准的奏请，规定：“嗣后该道除常年照例巡查外，如届将军等过台巡阅，即无庸出巡，以免烦扰。其台湾镇总兵，仍著每年出巡一次。”[52]

将军督抚提督为—、二品封疆大吏，其威权远远胜过监察御史。清政府派这些人轮赴台湾巡查，说明台湾的地位己今非昔比。但将军督抚提督共有五位大员，每年派一人，循环一次需五年。二年派—人，则循环一次需十年。五位官员的升调降革及退休、丁忧，情形己很复杂，难以排序。大体上，还是由福建地方当局先提出赴台人选，由皇帝认定。乾隆五十四年（1789年），即大员巡台制颁布的第二年，闽浙总督觉罗伍拉纳奏请本年先派水师提督当阿。乾隆认为台湾社会稳定，“现在福建内洋盗劫频闻，沿海一带地方，较之台湾，更关紧要。哈当阿系水师提督，董率弁兵，缉捕奸宄，是其专责，难以遽离。此时哈当阿亦可不必前往，俟明岁察看内地情形，或伍拉纳，或哈当阿，伊二人届期，再自行商酌一人奏闻，前往巡查”。[53

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