1764年），御史李宜青于回京后，单独奏报台湾事宜。乾隆十分不满，斥责“其用意之取巧器小，己大失言官之体”，“李宜青既不于在台时彼此会商，至回京复命，亦未闻一言及此，直至差满日久，挟此为独得之秘，罗列见长，彼以建白博名高者，存心鄙琐，固当如是耶。此等伎俩，犹得以尝试为得计。李宜青著传旨申斥，至所请各条，亦不必以人废言，仍著交部议奏。”[39]
开始，巡台御史每年派往。乾隆十七年后，变为三年派遣一次。乾隆三十年（1765年），清政府决定：
巡视台湾御史，前已降旨三年简派一次，事竣即回，无庸留驻候代。今思该处现有道、镇大员驻扎，一应地方事务，俱可随时经理，而向来巡察御史在彼，并未闻有所建白，原属有名无实。若遽行裁撤，则地方官员或以远隔海洋，无人稽察，日久不免废弛，亦不可不防其流弊。嗣后届三年请派之期，该衙门仍照例奏请，或暂停派往，或数次后派员一往巡查．候朕随时酌量办理。[40]
巡台御史由定期简派改为不定期。都察院知道乾隆对御史巡台制度成见甚深，取消它只是时间问题。
乾隆说“向来巡察御史在彼，并末闻有所建白”，已经是不顾事实，不讲道理的蛮横指责。那些贪污腐败、玩忽职守的台湾地方官员更加肆无忌惮。诸罗县接连发生拒捕抢劫案件，知县杨慰并不实力擒拿，福建督抚也不向中央政府奏报。直到乾隆四十六年（1781年），才由闽浙总督陈辉祖具奏参劾诸罗知县杨慰。乾隆阅奏后质问：“诸罗县境内贼匪抢劫之案，看来已非一日，海疆要地有此等案件，陈辉祖、富纲，何以不及早查办?此必近日因巡台御史抵闽，或恐为所觉察，先为此奏，以图塞责耳。”[41]
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