关税征收以货物税为主，通行舟船处兼征船税；工关专税竹木，但在商旅辐辏之地也税船、货。税则由户部颁定，刊之木榜于关口孔道。货税税率自雍、乾以后为值百抽五，但实际上各关往往有自定税率，且有同为一关而各征税口岸税率不同者。正税之外，另有种种附加征收，如盖印费、单费、验货费、补水费、办公费等等，名目及征率多由税吏擅自规定，各关不完全相同，有时附加征收远超过正税。船税通称“船料”或“梁头税银”，一般按船只的梁头大小征收，也有按舱或桅封计征的。商船过关、出洋，或船、货并征，或只税其一，情形不同。商人贩运米谷往受灾地方赈粜，某些官运物品如各省鼓铸所用之铜铅、官仓营汛所籴之米谷，以及商民随身携带或船载常用零碎物品，例得免税。
清前期对于来华贸易的外国商船、货物，在指定的贸易口岸征税。初设有粤海、闽海、浙海、江海四关，开于康熙二十四年（1685年），并颁布有海关征税则例。乾隆二十二年（1757年）以后，对外贸易限定于广州一地，遂只剩粤海一关仍征洋货入口关税。
关税在清初不十分受重视，康熙时年征额不过100多万两。雍、乾以后，考核渐严，各关不但报解“正额”，而且报解“盈余”，亦定以额数。又定收入比较之法，初为与上年比较，乾隆四十二年（1777年）改为“三年比较”，即以当年收数与前三年收数最多的年份比较，若有短绌，由关员赔补（此例于嘉庆初停止）。乾隆以后，每年解部关税户关为400余万两，多时达到500余万两，工关为40万两上下。各关巧立名目溢额私征不报部者不在其内。
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