年来反思的是：中国思想资源中有没有自己的启蒙理性与启蒙价值?人们常常认为，包括顾准在内的启蒙学者都认为，作为近、现代普遍价值的自由、人权、平等、民主、博爱、科学、理性、独立个性等只能借助于西方。而另一些学者，例如现代新儒家，主要是从正统儒家那里，企望内圣心性之学现现代政治架构的接殖。萧先生致力于从具有反叛精神的明清之际思潮中找到传统与现代的结合点，找到中国自己的现代性的根芽。他的这一工作接续了梁启超、侯外庐等前辈的传统，而发扬光大。他着力于明清文化史的不同侧面，考察随着经济生活背景和传教士文化撞击下，明清之际的哲人是如何从本土资源中重新开发新的生面的，这种具有思想启蒙和文艺复兴情结的涌动，给予我们当代人什么启迪?因此，应当格外重视明清之际思想家较之宋明理学家提出了甚么新的东西。尽管他们的思想中不不少新旧杂陈的，与宋明理学家剪不断的联系，然而，我们思想史工作者难道不应当更注意他们比前代思想家提供的更新的价值观，并予以现代转化吗?魏宗禹的《傅山评传》(南京大学出版社，1995年)，马涛的《吕坤思想研究》(当代中国出版社，1993年)，李明友的《一本万殊：黄宗羲的哲学与哲学史观》(人民出版社，1994年)基本上是按这一思路发展的。萧先生指导的邓名瑛的博士论文：《寻找生命之真椕鞔难У谋咎遄非蟆?1996年) ，李锦全指导的汪从飞的博士论文：《明清文化转型研究》(1996年)均注意发掘新的理念。此外，还有王茂、蒋国保等著《清代哲学》(安徽人民出版社，1992年)，周兆茂：《戴震哲学新探》(安徽人民出版社，1997年)。
关于清末明初的思想异动，新近出版的杨念群的《儒学地域化的近代形态棗三大知识群体互动的比较研究》(北京三联书店，三联．哈佛燕京学术从书之一，1997年6月)一书作了视域和方法颇新的考察。是书亦是在著者博士论文(1991年)基础上修改而成，指导教师是中国人民大学戴逸教授。全书有导论：〈知识群体与作为历史话语的儒学〉、上篇：〈儒学区域话语的类型化分析棗以知识群体为核心〉、下篇：〈儒学区域话语的功能化体现棗 以书院研究为核心〉。作者把思想史的命题部分地转换成一个近似社会史的命题，并从三大区域文化和知识分子群体的自身渊源与彼此互动中理解近代中国的变动。这三大群众是岭南、湖湘、江浙。作者采用区域文化背景的界分方法概括描述近代知识群体流动与各个重大变革运动之间的互动呼应格局。为什么近代史上会出现“绍兴师爷湖南将”?为什么富有理想主义色彩的思想家频崛于岭南?为什么唯科学论的始作俑者多为江浙籍学人?知识分子儒生团体有自己的地域、学派、师承的传衍轨范、行为方式和知识话语，并且在近代激变中不断调动乃至兑现自身的文化资源。知识群体之间由于达致社会变革目标与途径的不同而形成区际冲突，这些冲突往往以诸如改良与革命、激进与保守等政治或概念冲突的方式
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