进行阐发，研究是点式的，很难做专题或宏观研究。到第三阶段，我们能见到的材料日益增多，对敦煌文献做分类整理或专题的研究者也逐渐增多。但对各类文书、各个专题、各个学科进行综合研究还很薄弱。分类整理和专题研究的方法属于线式的研究方法，这种方法虽有利于各方面研究的深入，但也有明显的局限。因为敦煌文献虽然分属各个学科，可以分为许多类别，但同时又是一个整体，各类文献之间存在着密切的联系。如人们利用有关十世纪的一大批文书研究这一时期的政治、经济、宗教和社会已取得了很大成绩，若在此基础上将这一时期的各类文书打通，相信对这一时期整个社会的了解将更加全面，更加深入。其它如历史资料与文学史资料等各学科之间联系的研究，汉文历史文献与藏文历史文献等各文种之间联系的研究，也都是具有巨大潜力的研究领域。综合研究的另一个方面是探寻敦煌文献中的历史资料与吐鲁番文献、黑城文献及汉晋简牍中的历史资料之间的联系，这方面的工作还有待展开。
其三，对历史文书的分类整理和专题研究，应进一步加强，但有些方面可暂缓投入。从第三阶段的实际情况来看，有的类别的文书已有两种甚至三四种录校本（如邈真赞、地理文书等），有的专题也已有两三种总结性著作（如有关均田制的研究等），这些方面的研究都已相当深入，近期再投入较大力量也不易取得大的进展，似可暂缓投入。但从整体上看，研究比较深入，比较全面的专题还不够多，许多方面有待加强，如对宗教文献的整理和研究在一些方面我们同国外相比还存在差距，有待进行整理、录校、研究的文书还很多；少数民族文字历史文献的整理和研究在第三阶段虽有较大进步，但不少文种与国外的研究水平差距还比较大，取得的成果仍以第二次译释居多，能直接解读少数民族文字文书的学者还嫌太少；社会史资料的整理和研究也值得投入更多的力量。在专题研究方面，应提倡将敦煌文献放到更大的背景下进行考察。在对敦煌文献和传世文献、石刻文字中的相关资料作彻底调查的基础上，将敦煌文献中有关某一专题的资料放到唐宋时期甚至中古时期的历史背景下进行考察。这一方面虽已有学者进行尝试，但尚需大大加强。
其四，要加强对研究信息的调查。在从事一项课题研究时，对有关研究信息进行彻底调查，本是学术研究的常识。但因对敦煌文献研究信息的调查具有特殊的困难，故有特别强调的必要。对一般历史课题研究信息的调查，可主要通过查阅书目和论文索引来解决；但对一件敦煌文献研究信息的检索，光靠查阅书目和论文索引却不能完全解决。因为对每号敦煌文献的研究情况，多数不能从书名和论文标题中反映出来。也就是说，要全面了解每一号敦煌文献的研究情况，必须通览全部研究敦煌文献的专著和论文。而进入八十年代以后，学术界对敦煌文献的研究全面展开，每年发表的论文和专著都很多，要想迅速摸清与自己研究课题相关文书的研究情况确非易事。所以，在第三阶段中，对研究信息调查不彻底的现象日益严重，重复劳动有增多的趋向。有的杂志的相关专号和少量论著，基本未对数十年的研究情况进行调查，出产了一些比目前已达到的学术水平低很多的劣质产品。
对研究信息调查不彻底的另一表现是一些学者不对相关文书进行全面调查，仅就少量或一件文书进行阐发，所以容易发生论断失当的现象。
最后，应该重视和加强利用新的研究手段、引进新的研究方法。比如在研究中充分发挥电脑这种新科技手段的功用，就是值得下大力量进行开发的课题。象用扫描手段将文书图象制成电子图书，编辑敦煌文献录校本电子图书，都会给史学工作者阅读、利用敦煌文献带来更多的方便。就现在的技术水平而言，完成上述工作已不存在任何问题，但这方面的工作还有待展开。在敦煌文学领域，已有人尝试利用电脑研究王梵志诗，取得了初步成果，为我们史学工作者做出了榜样。在新方法方面，已有学者尝试运用社会学方法研究敦煌社会史资料，并取得了初步成果。新方法的运用，有利于全方位、多角度、多层次地发掘敦煌文献的史料信息，值得大力提倡。
[1] 敦煌文献又被称为敦煌卷子、敦煌遗书、敦煌文书等。另外，1944年在敦煌土地庙出土的文书，一般也被包括在敦煌文献中。
[2] 这些著作的资料来源，主要是伯希和1909
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