扬州学派学者又大都重视自然科学的研究,李惇、焦循、阮元等对于天文、数学、自然科学史诸方面都有深湛研究。李惇、焦循的数学取得杰出成就,焦循还利用数学原理研究《周易》,尤为别具一格。阮元编写出《畴人传》,撰写了大批天文历算学者的传记,实际上是一部自然科学史,开拓、扩大了治学范围。
前辈史学大师陈垣先生曾谓,“朱竹坨、全谢山、钱竹汀三家集,不可不一看,此近代学术之源泉也”。而扬州学派的研究方法,则将传统的学术研究方法,更是大大向前推进了一步。特别是王念孙、王引之、阮元等人,已生活于鸦片战争前后,都在不同程度上受有近代科学影响,使自己的学术研究方法具有某些近代气息。王念孙、王引之父子在训诂、词语等语言学研究中,已具有近代文法观念,以致当代语言学家吕叔湘在其《文言虚字》一书的序言中,认为自己在这方面的工作是王引之《经传释词》一书的继续。当代另一语言学大师王力先生在其《中国语言学史》中甚至认为王念孙、王引之等人的著作“是中国语言学走上科学道路的里程碑”。王引之的学术论著,大都结构严密,逻辑性强,娴熟地运用归纳和演绎的方法,已是系
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