清政府除了往台湾派遣御史外，还在台湾设立府、县，直接管理。康熙二十三年四月，清政府决定在台湾设1府3县，即改承天府为台湾府，以府治附郭为台湾县，天兴州改为诸罗县，万年州改为凤山县。府设知府1员，海防粮捕同知1员，经历司经历1员。知府在福建巡抚直接管理下，总领台湾各府县，宣布国家政令，治理百姓，审决讼案，稽查奸宄,考核属吏，征收赋税。海防粮捕同知后改名为台防同知，隶属于知府，管辖南到新港、北至鹿子港海岸以及三县沿海地域，具体事务有考察进出口船舶，兼理台湾、凤山、诸罗三县司法事务，发给商船、渔船执照10 。雍正元年，添设淡水同知一员，稽查北路兼督彰化捕务。雍正五年，改设澎湖通判1员，稽查船只，管理钱谷，遇刑名事件仍归台府审结。

对台湾地区县及县以下的行政建置，清政府也非常重视。康熙二十三年四月，以台湾府治附郭为台湾县，县设知县、县丞、典史各1员，新港巡检司巡检、澎湖巡检司巡检各1员。改天兴州为诸罗县，县设知县、典史各

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