旗是清朝国家行政体制中在蒙古地区的基本军事、行政单位，同时也是清朝皇帝赐给旗内各级蒙古封建主的世袭领地。旗是经过编制佐领，安置属民，分给牧地，划定旗界，任命札萨克形成的。札萨克由清廷任命，以蒙古王公、台吉中忠顺有功者为之。札萨克管辖旗内的属民和土地，职位世袭。札萨克的职责是按照清廷所授予的权限，负责处理旗内行政、司法、赋税、徭役、牧场以及旗内官吏的任免等事务。

旗也是基本军事单位。旗内男丁，除喇嘛与庙丁、随丁外，18岁以上60岁以下一律编入丁册，都有服兵役的义务。札萨克为全旗的最高军事长官，旗内的箭丁，无论是谁的阿勒

巴图，都归札萨克统辖。

札萨克下面设有固山额真、协理台吉、梅伦章京、甲喇章京、牛录章京、拔什库、什家长等。旗由若干个佐(苏木)构成。佐是旗以下的行政、军事单位。佐以下分户，每十户设“十长”一人。清朝将札萨克旗分为内札萨克和外札萨克。漠南蒙古49旗称内札萨克，内札萨克拥有统率兵丁之权。喀尔喀蒙古86旗、漠西卫拉特蒙古34旗、青海28旗与阿拉善、额济纳旗为外札萨克旗，无兵权，受当地将军、大臣及参赞大臣的节制。

若干旗会盟一处，召集人称为盟长。盟长由参加会盟的各旗札萨克中选任。初期，盟长的权力有限，一般只是协助理藩院或军府长官处理有关军政事务。后来盟长权力增大，由单纯的军事意义上的会盟转变为集军政于一体的行政建置。

再看新疆地区。18世纪中叶，清王朝在新疆正式实行军府制度，任命第一任伊犁将军，议定伊犁将军职掌。伊犁将军为清王朝在新疆地区的最高军事、行政长官，授权代表清廷中

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