伊犁将军下的参赞大臣和领队大臣与将军同住伊犁。参赞大臣赞理伊犁军务，领队大臣分管各城各营事务。乌鲁木齐辖区有乌鲁木齐都统驻乌鲁木齐巩宁城，管理乌鲁木齐及周围诸城。

各城设有领队大臣任事。塔尔巴哈台辖区有塔尔巴哈台参赞大臣驻扎，参赞大臣下辖协办领队大臣和专理游牧领队大臣。喀什噶尔辖区有喀什噶尔参赞大臣驻扎管理，总辖喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔八大城事务。参赞大臣下设办事大臣和领队大臣分管各城事务。伊犁将军“节制南北路”，统辖整个新疆军政事务，如驻兵屯田；稽查台站卡伦；经理牧厂贸易及统辖外藩属国。

除了上述军政机构，清王朝针对新疆天山南北的居民特点，在军府制度下建立了三种不同的民政制度，管理地方行政。

 (1)伯克制度。

清朝统一西域以前，即18世纪中叶以前，新疆地区就实行了伯克制度。“伯克”一词主要指特权阶层或贵族，有时行政长官也用此号。明末，在新疆及中亚定居民族中，“伯克”一词已成为对官吏的泛称。当时已存在三十余种伯克。清朝统一新疆以后，对南疆地区继续实行伯克制度，但同时进行了改革。改革的主要内容是：废除伯克世袭制度；伯克的任免、资格、任期由参赞大臣和驻扎大臣提名呈报；制定伯克回避制度；明确规定伯克的品级与养廉；确定伯克人觐制度。

乾隆二十四一二十五年(1759-1760)，清朝在各地设置了各类伯克，各级伯克在各驻扎大臣的监督下，管理当地的行政、司法、赋税、治安等各项民政事务。据统计，新疆

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