特别是汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”之后。相对说来，现代学术和学者在社会上的地位则要更显重要，其独立性、自主性也要大得多。就终极目标而言，现代学术是要建立一个相对独立完整的知识世界，这也是波普尓发现并大力提倡的“第三世界”，它欲使知识的生产摆脱*直接明显的控制和传统宗教伦理的羁绊而获得相对独立自主的地位。[5]不过，学术的独立性、自主性虽重要，在后发现代性国家学术现代转型的过程中，它却往往不能优先地、整体性地实现，或者确切地说，它一般只能先在某些较基础的层次上部分完成，甚至其最初的启动，还可能恰恰得益于*救亡的推动，成为*目标的手段，从而形成某种悖论。但在事实上，由此导致的学术“重要性”认知之社会化的实现，却又必然成为其相对“独立性”和“自主性”得以实现的前提。值得强调的是，在这里，学者相对独立的职业地位的形成和学术价值标准的部分脱“宗教化”和“*化”趋向的萌生，实乃学术整体性现代转型之关键。一定程度的学术独立自主意识和社会制度环境的出现所具有的那种学术转型之风标意义，往往容易被忽视。当然，学者与学术的职业化倾向，也是与现代学术的生产机制的出现紧密相关的。这后一点，我们下文还会专门谈到。
其次，就学术自身所秉承的基本价值理念而言。现代学术遵循的是科学和自由民主的原则，信奉的核心理念是进化论。这与以三代为理想世界，以专制儒学为精神桎梏，以循环论为理论皈依的中国传统学术根本理念格格不入。进化论和科学价值观的结合，制导了现代学术勇于怀疑成见、不断追求因果关系和创新的时代品格。进化论既是学术现代转型的结果之一，又会反过来有力地推动学术的现代进程。在后发现代化国家，进化论的引入，还往往能够成为学术现代转型的强大理论动力。
第三，就思维方式和治学方法而言。严复认为，传统中国学术思维模式的特征在于：宗经征圣；“求诸方寸”；短于逻辑（这里主要指的是形式逻辑）。宗经征圣，从教条和本本出发，重因袭而轻创作，迷信权威，甚至为权威可以牺牲事实。[6]求诸方寸,本质上乃是一种直觉体悟的思维方式。它具有两个特征：整体统观，缺乏精确；主观臆测，轻视实证。的确，短于逻辑特别是形式逻辑，可谓中国传统学术最大的缺陷。形式逻辑思维的不足造成传统学术以下一些弊端：知识不成系统；轻视归纳法的运用；概念含混模糊等。应当说严复对于传统学术的诊断是切中
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