中日已就南京大屠杀的定性问题取得共识，中日战争的性质为侵略战争，南京大屠杀为大规模反人道屠杀。但对于南京大屠杀人数，中方坚持认为“牺牲者为30万人”，寸步不让，日本因为“有从数万人到20万人的各种各样见解”，所以将两种结论并列记录。虽然死亡人数没有达成一致，但中日学者都引用了两组数据：远东国际军事法庭认定是20万人以上，南京国防部军事法庭认定是30余万人。
中国学术界对于南京大屠杀的研究是从上世纪80年代初才真正开始。研究材料包括档案、文献类、口述历史资料。
上世纪90年代，中国有关南京大屠杀史料搜集工作取得了突破性的进展。其中最具重大影响的是一批当时留在南京的西方人士的日记、书信等文献资料的发现，如《拉贝日记》、《天理难容：美国传教士眼中的南京大屠杀(1937年—1938年)》。
进入本世纪以来，南京大屠杀史料搜集整理工作取得了巨大进展。《南京大屠杀史料集》于2005年开始陆续结集出版，目前已出版55卷，约3000万字。该书的出版将会极大地推动南京大屠杀史的深入研究。
日本国内围绕南京大屠杀真实性的争论始于上世纪70年代初。到了上世纪80年代，随着日本历史教科书问题的激化，南京大屠杀很快成为日本社会各界争论的焦点，形成了承认南京大屠杀的“肯定派”和否认南京大屠杀的“否定派”。此外，还有介于两者之间的中间派。
“肯定派”大都具有历史学专业的背景，理性和学术性较强。1984年，以洞富雄、藤原彰等人为首成立了“南京事件调查研究会”，至今每年仍定期举办多次研讨活动，持续不断地整理出版史料和学术专著
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