导师是做辽金元史的陶晋生。陶在边疆民族史领域很有成就，是中央研究院院士。对黄进兴，陶晋生基本是放手不管，这给了他一个非常大的自由发挥的空间。这期间，黄进兴还做过陶晋生父亲陶希圣[注: 陶希圣，名汇曾，字希圣，以字行，笔名方峻峰。湖北黄冈人。曾任汪伪中央常务委员会委员兼中央宣传部部长。后与高宗武逃赴香港，披露汪日签订“密约”内容。]任主编的《食货》月刊的助理编辑。
到离开台湾前往美国的时候，黄进兴念了将近两百本的英文书，其中50多本是谈史学方法论的。刚开始读得很辛苦，经常要停下来查字典，熬过这个过程，黄进兴的阅读速度开始变快。这无疑是件好事，但黄进兴认为自己“完全把重心放错了地方，即使西方的学生，史学方法论的书一般读一本，至多两本。再念事实上是在重复，耽误了自己”。
黄进兴对史学方法论的执念一直要到在美国念博士[注: 博士是教育机构授予的最高一级学位。如某科系哲学博士（PhD），理学博士（DSc/ScD），文学博士（DLitt），教育博士（EdD）。]时，和余英时一番长谈，才真正打消。为此，黄进兴写文章《论方法与方法论》，否定以前的想法和做法。据说这篇文章在台湾一度引起轩然大波——史学方法论是台湾各大高校的必修课。文章发表后，台大有位老师跑到教学部要求撤销这门课。几年后，史学方法论真就改成了选修课。
“我的求学过程中，走了10年的错路。希望年轻人把我作为一个反面的教材，不要像我这样走冤枉路。”
在余英时的影响下
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